問題2》醫學中心、急診室病床一位難求
當有患者需要住院開刀，或是急重症患者因病情嚴重恐有併發症， 一入院就要進行複雜治療或手術， 可能成為DRG制度中「讓醫院賠錢的病人」時，一些地區醫院或區域醫院，恐怕就會以「沒有設備、醫生不在、病房不足」為由，要求病人轉院到醫學中心治療，而自己就只接受可在門診進行手術治療的病人，「這就是醫療人球，但病人毫無知覺！」張志華說。
然而醫學中心病房有限，從其他醫院轉院而來的病人又大幅增加下，便造成了醫學中心急診室被塞爆、空病床久等不到的現象。雖然，健保署統計2013年全國醫學中心急診滯留48小時比率為3.18%，較2012年的3.33％下降0.15個百分點，但長期在醫療現場的李紹榕觀察發現，台北市某醫學中心的急診待床人數，在這半年內就從每天10人暴增為近100 人，問題相當嚴重。
關於人球問題，李純馥表示，目前健保署已以人頭歸戶，會嚴審轉院病患過去14天的DRG編碼，若發現醫院沒治療好病人就要求轉院，會不予給付，或發現醫院因能力不足而要求病人轉院，給付也會打折；另外也設置專線，以供民眾申訴。對於醫學中心病房一位難求的現象，李純馥認為，不見得全因DRG制度而起，可能是民眾較信賴醫學中心，才會紛紛前去求診。
問題3》醫療只為成本考量，五大科鬧醫師荒
DRG制度因有規範住院天數與給付金額，因此可能會發生病人還沒全好，就要出院，或是要求重病患者先出院再入院的「分段式治療」，影響了病人的治療效果和品質。另外，醫院為求獲利，可能會建議民眾多用健保不給付的自費藥品與耗材。
對於這樣的影響，李紹榕與張志華斷言，醫院在DRG制度下，一切醫療只以成本、獲利為考量和評估重點，將不願再去投資賠錢機率大的心臟外科、婦科及骨科等「五大科」，而只會去投資容易賺錢的如皮膚科、眼科等的「五官科」以及健檢中心，使得五大科的人才與技術流失，更將造成醫療制度崩壞。
對此李純馥表示，世上沒有完美的制度，但健保署相當重視醫生的意見，會再積極與醫院、醫生、付費代表進行協商，以期讓大家更了解、接受DRG制度的重點及對健保的好處。
應行3配套措施，挽救DRG困境
DRG實施的用意在於節省健保給付，張志華認為，醫療不是愈廉價愈好，節省之餘仍要思考醫療現場的需求與品質。但在DRG制度不可能廢除重來的情況下，他表示，健保署可透過3個配套措施，改善DRG制度可能造成的問題：
1. 保大不保小：健保給付只針對治療費用龐大的急重症給予保障，像感冒等輕微病症不納入健保給付，減少健保支出。
2. 減少民眾浪費醫療資源：民眾習慣拿了一堆藥卻未使用，健保署應加強勸導民眾不要浪費健保資源與藥物。
3. 平均分配就醫範圍：台灣應仿效美國，要求病人依其居住範圍的區域醫院與地區醫院就診，若真罹患重症才轉到醫學中心，以減輕醫學中心的壓力。