無獨有偶，台股基金也將面臨不合理課稅而影響買氣的情形。原被排除在證所稅課徵範圍外的台股基金，2012年12月7日財政部賦稅署在新聞稿中「證實」台股基金在加權指數達8,500點以上賣出持股時，須繳交證所稅。此消息一出， 讓投信電話接到手軟，投資人憂心忡忡地想了解課徵證所稅的影響。
根據投信投顧公會以①2011年12月∼2012年11月，這1年全年度台股基金賣出台股金額約6,300 億元；②2013年全年度加權指數達8,500點以上比率12%；③證所稅實質稅率為0.02%，這3個條件試算後，2013年全年台股基金會被扣繳的證所稅金額，約1,500萬元，相對於台股基金2,867億元的規模，金額算小。
可是金額雖小，卻衝擊投資人持有台股基金的意願。當去年12月加權指數展開反攻，指數一度站上7,700點，全月上漲1.57%，但此時的台股基金規模卻不增反減， 比11月少了64億3,500萬元、2.24%。
就全年表現來看，12月加權指數表現全年排名第7，不算最差， 但規模卻創全年第4低，此與台股基金要課證所稅應有一定程度的關聯性。
▲台股基金12月規模為全年第4低