考試結果出爐，他考取南華大學哲學研究所，同鄉的小孩考取義守大學建築系。他自得地說雖然力氣都花在準備西洋哲學，但《莊子》、《孟子》還是考得很好：「可見小時候基礎打得好，隨時都可以拿出來用。」
趙慕鶴讀研究所，周遭朋友幾乎沒有一個給他打氣，都是講洩氣話。考試前，說他考不取，落榜多丟人，叫他乾脆別考了；等到他考取了，又說他讀不到畢業，這些人的理由不外乎：年紀那麼大了。
但趙慕鶴的精神還是和讀空大時一樣：「堅持下去總是會畢業的，除非讀到一半我死了，才會讀不完。」他抱著輕鬆的心情讀書，課業上幾乎沒什麼壓力，唯一的壓力是必須早起。
原來趙慕鶴的生活作息是深夜1、2點才就寢，上午10點、11點才起床。但讀研究所時，每週到校上課3天，為了從高雄趕往位於嘉義的學校，硬是把作息時間改成早上5點起床，搭6點10分的莒光號到嘉義大林，然後再搭8點20分的校車到學校。
雖然早起又要奔波勞苦，但趙慕鶴讀研究所3年期間，從不遲到、也不早退，更沒翹蹺過課，上課也沒打過瞌睡。
研究所第2年時，他騎單車趕往高雄火車站的路上被一輛機車撞到，仍然撐著去上課。課堂的教授陳德和看他走路姿勢不對勁，一問之下才知道他出車禍，叫他趕快回家休息，他卻堅持課上完才走。「我印象中，那是他唯一一次遲到，」陳德和佩服地說。
趙慕鶴在碩士班有12個同學，都是20幾歲、大學剛畢業的年輕人，年紀只有他的1/4，他們都叫他「趙爺爺」。其實，連教授也不好意思叫趙慕鶴的名字，跟著學生叫他爺爺，不過趙慕鶴定位自己就是學生，對於年紀只有自己一半的教授仍尊稱一聲「老師」。