後來，證明方世文這條路走對了，從600坪的小菌種栽培廠，現在方世文不但可以量產各式菇類，養菇及生態農場擴展到5,000坪，員工從原本的6人，到現在突破110人的規模。
種菇這幾年來，方世文不是沒有經歷過挫折。方世文曾經幫一家保健食品公司種植靈芝，但沒想到選用養殖靈芝的木屑含有防腐劑，抑制靈芝生長，全部只好重來。這次失誤，讓方世文賠了100多萬元，對事業才剛起步的他而言，差點喘不過氣來。
這次教訓，讓方世文重新反省，現在，他用來栽培菇菌「太空包」的成分，都是採用有機天然的材料，連水都是用RO逆滲透水。正因為方世文的太空包是有機成分，他不須要像其他菇農般，得花錢請人回收太空包，還可以把太空包賣給其他肥料廠，把太空包變黃金。
方世文並和大葉大學藥用植物與保健學系助理教授梁志欽合作，要用玉米稈取代太空包中的木屑，以減少砍伐森林。梁志欽指出，目前這樣技術已經從實驗室到放大栽培的階段，不但可以讓菇類產量提升，而且量產後，成本比木屑便宜一半以上。
企業化經營 要讓台灣菇業邁向國際
光是科技養殖不夠，方世文認為還必須用「企業化」來經營菇場，這番頓悟，卻其實是來自於他自己的「慘痛」經驗。方世文緩緩地說，剛開始創業，員工連他只有6個人，他是「老闆兼夥計」，培養菇種外，還得開車到處送貨當小弟。
有天早上，方世文大清早7點就來工廠，一個作業員都沒有，他試用一下新的機台，沒想到右手掌虎口卻被機台的鐵針刺穿，方世文看著自己釘在機台上的手掌，卻無計可施，只能等作業員來，趕緊把鐵釘拆掉，送醫急救。現在，方世文右手掌上都有一個茶杯口大的傷疤。
這次意外事故，讓方世文整整一年沒辦法再當送貨小弟。方世文開始重新思考：他這樣事必躬親的經營，真的對嗎？因此，他開始組織分工，並且編寫一套SOP（標準作業化流程），把每個操作細項，做成文字和圖片解釋，讓員工能熟悉各種機器操作與生產作業，使蕈優更向企業化經營步上軌道。
種菇創造億元營收，工程師變神農